Jonathan Rondeau-Leclaire

Étudiant à la maîtrise (Janvier 2024 - [...])

BSc en biologie, BSc en économie, Spécialiste en bière artisanale

Projet principal : Évaluer l'impact des choix méthodologiques dans les études métagénomiques, avec un accent sur le profilage taxonomique et l'analyse d'abondance différentielle.

Mon parcours en bref : Depuis 2011, je travaille dans le secteur de la bière artisanale en tant que conférencier, gestionnaire de bar à bières, organisateur d'événements, formateur, animateur d'événements privés, chroniqueur radio, écrivain occasionnel, brasseur amateur, collaborateur avec diverses brasseries régionales et défenseur de la bière artisanale. Plus que tout, la science de la bière m'a toujours fasciné; on dit que j'excelle à expliquer des concepts complexes. La bière est sans doute ce qui m'a ramené sur les bancs de l'université pour obtenir un diplôme en biologie, bien que, à la grande surprise de mon entourage, sans projet lié à la bière. Je fais présentement une maîtrise en biologie et espère continuer à faire de la recherche et enseigner la bioinformatique et les statistiques.

Choses à savoir sur moi : J'ai appris l'allemand par moi-même, je me rase avec un rasoir droit, mon malt préféré est le seigle, j'ai un penchant pour l'orthographe britannique, je n'ai jamais possédé de voiture, j'écoute du métal, je sais siffler la bouche ouverte, j'adore la coriandre, je ne mets jamais de crème dans une carbonara, et je collectionne les romans de Stephen King en anglais, couverture rigide.

Objectifs académiques : Après avoir rejoint le laboratoire d'Isabelle (d'abord en tant que stagiaire au premier cycle), je suis rapidement tombé dans l'univers de la bioinformatique, ravivant un amour pour le code perdu dans le passé lointain de mes études en économie. Je me suis vite intéressé aux méthodes de la métagénomique: j'étudie dans quelle mesure les choix méthodologiques peuvent influencer l'interprétation biologique des données métagénomiques. 

Pourquoi ? Parce que dans la recherche sur les microbiomes, le chemin entre les données brutes et les tests d'hypothèses réelles est complexe et personne ne sait vraiment quelle approche fonctionne le mieux. Les métagénomes – la représentation numérique de tout l'ADN trouvé dans un échantillon – sont des ensembles de données complexes qui nécessitent plusieurs étapes de traitement avant d'être interprétables. Comme ce domaine est encore jeune, de nombreuses nouvelles méthodes sont régulièrement développées, chacune abordant divers aspects du workflow typique visant à générer des résultats biologiquement valides à partir de données extrêmement bruyantes. Cependant, peu de normes de référence existent pour choisir un outil plutôt qu'un autre. Ma mission est de mieux comprendre comment choisir la méthodologie pour un projet donné afin d'aider les scientifiques du microbiome à faire une meilleure science.

Après mon premier stage dans ce laboratoire, j'ai eu le privilège d'être envoyé par Isabelle pour assister à STAMPS 2022, un cours intensif sur l'analyse des microbiomes pour les étudiants avancés. En 2023, j'ai effectué un stage au groupe Microbiome Informatics de l'EMBL-EBI, acquérant une expérience pratique en assemblage de métagénomes et en découverte de nouvelles espèces. De plus, j'ai participé à un hackathon sur la métagénomique des lichens à l'Institut Sanger en 2024, explorant ces organismes complexes à travers des assemblages de longues lectures. Pour en savoir plus sur moi, vous trouverez mon CV ci-dessous et plus d'informations sur mes objectifs sur ma page GitHub.